O NAPE possui quatro Subnúcleos: o de São João del-Rei, o do Campus Alto Paraopeba - CAP, o do Campus Centro Oeste - Dona Lindu - CCO e o do Campus Sete Lagoas - CSL.
Cada Subnúcleo tem a responsabilidade de organizar e realizar as ações do NAPE na respectiva localidade/unidade institucional (município/campus).
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